阴阳学说的基本内容包括阴阳对立、阴阳互根、阴阳消长和阴阳转化四个方面。在中医学中，阴阳学会被用以说明人体组织结构、生理的功能以及病理变化。古代的一些神医也是参透了阴阳学说的主要内容，由此来指导疾病的诊断与治疗。
阴阳对立就是指世间的一切事物或现象都存在相互对立的两个方面，即是一阴一阳。
比如天为阳，地为阴；升属阳，降属阴。
阴阳学说的主要内容加以形象描述，可以说宇宙是个大太极，人体是个小太极。所以，各个脏腑组织器官之间同样存在着阴阳的关系。如上为阳，下为阴；左为阳，右为阴；背为阳，腹为阴；外为阳，内为阴；腑为阳，脏为阴；气为阳，血为阴；阳化气，阴成形，阴聚阳散等特性。
阴阳学说中，对立双方必定是互相依存与影响的，任何一方都不能脱离另一方而存在。阴阳学说中的阴阳，即是相辅相成的一种关系。就比如热为阳，冷为阴，如果没有冷就无所谓热。阴阳学说的主要内容中，阳依存于阴，阴依存于阳，每一方都以其相对的另一方为自己存在的条件。这就是阴阳学说的基本内容中的阴阳互根。阴阳之间是存在对立制约的关系，但也不是一成不变的。它们之间始终会处于一种消长变化中，之后会达到一种动态的平衡状态。阴阳学说的主要内容中消长变化是绝对的，而动态的平衡状态则是相对的。就比如说白天属阳，那么人的生理大脑也处于阳的状态，整个人是兴奋的，是充满精神的；而晚上属阴，一个人的身体机能都保持着休息的状态，显得压抑。在阴阳学中，这也就是阳消阴长。
阴阳学说的基本内容还包括阴阳转化，阴阳的双方在一定条件下是可以互相转换的所谓物极必反。人们常说的受凉感冒，起初是因为感寒发病，但病情加重可出现发热症状。这就是由阴转化成阳的表现。可以说，阴阳消长是一个量变的过程，而阴阳转化则是质变的过程。阴阳消长是阴阳转化的前提，而阴阳转化则是阴阳消长发展后的结果。
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